下出 信次 (シモデ シンジ)

SHIMODE Shinji

所属組織

大学院環境情報研究院 自然環境と情報部門

職名

教授

研究分野・キーワード

生物海洋学、プランクトン、カイアシ類

ホームページ

http://www.mmcer.ynu.ac.jp/shimo/my_site/Welcome.html

関連SDGs




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プロフィール 【 表示 / 非表示

  • https://www.researchgate.net/profile/Shinji_Shimode

出身学校 【 表示 / 非表示

  •  
    -
    1996年03月

    横浜国立大学   教育学部   中学校教員養成課程   卒業

出身大学院 【 表示 / 非表示

  •  
    -
    2002年03月

    京都大学  理学研究科  生物科学専攻  博士課程  修了

  •  
    -
    1998年03月

    横浜国立大学  教育学研究科  理科教育専攻  修士課程(博士前期課程)  修了

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(理学) - 

学内所属歴 【 表示 / 非表示

  • 2020年04月
    -
    継続中

    専任   横浜国立大学   大学院環境情報研究院   自然環境と情報部門   教授  

  • 2012年04月
    -
    2020年03月

    専任   横浜国立大学   大学院環境情報研究院   自然環境と情報部門   准教授  

  • 2021年04月
    -
    継続中

    併任   横浜国立大学   大学院環境情報研究院附属臨海環境センター   センター長  

  • 2021年04月
    -
    継続中

    併任   横浜国立大学   大学院先進実践学環   教授  

  • 2020年04月
    -
    継続中

    併任   横浜国立大学   理工学部   建築都市・環境系学科   教授  

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学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 2011年04月
    -
    2012年03月

      東京大学   大学院新領域創成科学研究科   特任准教授

  • 2010年04月
    -
    2011年03月

      東京大学   大気海洋研究所   特任研究員

  • 2008年04月
    -
    2010年03月

      東京大学   海洋研究所   特任研究員

  • 2007年04月
    -
    2008年03月

      東京大学   海洋研究所   学術研究支援員

  • 2002年10月
    -
    2003年03月

      京都大学   教務補佐員

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著書 【 表示 / 非表示

  • 都市科学事典

    横浜国立大学都市科学部編 (担当: 分担執筆 , 担当範囲: 6-3-10 人間活動の海底生態系への影響と 環境評価 )

    春風社  2021年03月 ISBN: 4861107342

論文 【 表示 / 非表示

  • Feeding and growth efficiency in a pelagic chaetognath, Zonosagitta nagae reared in the laboratory

    Otake, S., Takahashi, K. and Shimode, S.

    Journal of Plankton Research   42   265 - 273   2020年04月  [査読有り]

    共著

     概要を見る

    Chaetognaths are ubiquitous in the marine environment and are among the most abundant carnivorous plankton. Nevertheless, characterization of physiological parameters remains limited largely due to the difficulty in obtaining the data from pelagic chaetognaths in laboratory studies. This study therefore aimed to determine the feeding and growth rates of Zonosagitta nagae under laboratory rearing condition. A total of 54 field-collected chaetognaths with maturity Stage I and II ranging from 5 to 12 mm in body length collected in June, August and October were individually incubated at 20–22°C with excess copepod prey and growth parameters were obtained from 26 individuals that survived ~10–46 days. For Z. nagae, ingestion and growth rates increased with body dry weight, and both parameters were significantly related, indicating that gross growth efficiency was ~47%. Specific ingestion rates ranged from 0.03 to 0.43 d−1 and tended to decrease with an increase of size of the chaetognaths. Individual specific growth rate varied widely in small-sized individuals (~6 mm), ranging from −0.103 to 0.135, but became relatively constant (~0.032) with increasing size. Overall the study results suggest that Z. nagae is characterized by high gross growth efficiency, which is in striking contrast with previously studied inshore species.

    DOI

  • Photochemical Production and Biological Consumption of CO in the SML of Temperate Coastal Waters and Their Implications for Air-sea CO Exchange.

    Sugai, Y., K. Tsuchiya, S. Shimode and T. Toda

    Journal of Geophysical Research: Oceans   125 ( 4 ) e2019JC015505   2020年03月  [査読有り]

    共著

     概要を見る

    The sea surface microlayer (SML), less than 1,000‐μm uppermost layer of the ocean water column, is located at the air‐sea interface and plays critical roles in global biogeochemical cycles and climate change through air‐sea gas exchange. To clarify the significance of the dynamics of carbon monoxide (CO) in the SML, where active photochemical and biological processes are expected, in air‐sea CO exchange, the production and consumption of CO in the SML and its sea‐air emission were investigated in temperate coastal waters. In the SML, the light‐normalized photochemical CO production rate was relatively high from spring to autumn (median: 2.57 nM [kWh m−2]−1) when relatively high absorbance of chromophoric dissolved organic matter (0.55 m−1) was observed. Biological CO consumption rate constant in the SML showed relatively high values from spring to autumn (mean ± standard deviation: 0.060 ± 0.010 h−1) during the period of relatively high water temperature (22.3 ± 2.7 °C). The calculated sea‐air CO flux (F) varied similarly to CO concentration in the subsurface water. Comparison among the production, consumption, and sea‐air emission of CO in the SML suggests that biological consumption in the SML can be ignored in air‐sea CO exchange throughout the year whereas photochemical production in the SML enhances F during summer under intense light, active biological production, and weak wind conditions. Further, seawater warming experiments found the tendency of the stimulation of biological CO consumption by water temperature increase from spring to autumn, which suggests negative but insignificant feedback on global warming.

    DOI

  • Incorporation characteristics of exogenous 15N-labeled thymidine, deoxyadenosine, deoxyguanosine and deoxycytidine into bacterial DNA

    Tsuchiya, K., T. Sano, T. Tomioka, A. Kohzu, K. Komatsu, R. Shinohara, S. Shimode, T. Toda, A. Imai

    PLoS ONE   15 ( 2 ) e0229740   2020年02月  [査読有り]

    共著

     概要を見る

    Bacterial production has been often estimated from DNA synthesis rates by using tritium-labeled thymidine. Some bacteria species cannot incorporate extracellular thymidine into their DNA, suggesting their biomass production might be overlooked when using the conventional method. In the present study, to evaluate appropriateness of deoxyribonucleosides for evaluating bacterial production of natural bacterial communities from the viewpoint of DNA synthesis, incorporation rates of four deoxyribonucleosides (thymidine, deoxyadenosine, deoxyguanosine and deoxycytidine) labeled by nitrogen stable isotope (15N) into bacterial DNA were examined in both ocean (Sagami Bay) and freshwater (Lake Kasumigaura) ecosystems in July 2015 and January 2016. In most stations in Sagami Bay and Lake Kasumigaura, we found that incorporation rates of deoxyguanosine were the highest among those of the four deoxyribonucleosides, and the incorporation rate of deoxyguanosine was approximately 2.5 times higher than that of thymidine. Whereas, incorporation rates of deoxyadenosine and deoxycytidine were 0.9 and 0.2 times higher than that of thymidine. These results clearly suggest that the numbers of bacterial species which can incorporate exogenous deoxyguanosine into their DNA are relatively greater as compared to the other deoxyribonucleosides, and measurement of bacterial production using deoxyguanosine more likely reflects larger numbers of bacterial species productions.

    DOI

  • Guanine crystals regulated by chitin-based honeycomb frameworks for tunable structural colors of sapphirinid copepod, Sapphirina nigromaculata

    Kimura Tsubasa, Takasaki Mihiro, Hatai Ryosuke, Nagai Yukiko, Uematsu Katsuyuki, Oaki Yuya, Osada M … 全著者表示

    SCIENTIFIC REPORTS   10 ( 1 )   2020年02月  [査読有り]

    共著

    Web of Science DOI

  • 相模湾における寄生性渦鞭毛藻類の浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの卵生産に与える影響

    下出信次

    日本プランクトン学会報   66 ( 2 ) 106 - 108   2019年08月

    単著

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研究発表 【 表示 / 非表示

  • Variability of Phytoplankton Functional Types (PFTs) in the Temperate Coastal Waters of Sagami Bay, Japan

    矢野光一,梶正彦,髙山佳樹,下出信次,桑原ビクター,戸田龍樹

    日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2021  2021年03月20日  

  • Progress of high-frequency radiometric, IOP and PFT measurements in the coastal waters of Sagami Bay

    Kuwahara V.S., Shimode S., Sogawa S., Fujiki T., Yano K., Kaji M.  [招待有り]

    Joint PI JAXA Meeting of Global Environmental Observation Mission.  2021年03月  

  • Revealing the Temporal Variability of Marine Plankton Community Through Environmental DNA

    Sogawa S., Kuwahara V.S., Shimode S., Nagai S.

    International Conference on Marine Science & Aquaculture 9-10th  2020年12月  

  • Temporal variability of phytoplankton functional types in temperate coastal waters of Sagami Bay

    Yano K., Shimode S., Sogawa S., Kuwahara V.S.

    International Conference on Marine Science & Aquaculture 9-10th  2020年12月  

  • Variation in Spectral Composition of the Euphotic Zone and Relationship with Phytoplankton Biomass

    Kaji M., Shimode S., Sogawa S., Kuwahara V.S.

    International Conference on Marine Science & Aquaculture 9-10th  2020年12月  

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学会誌・論文誌編集等 【 表示 / 非表示

  • Plankton and Benthos Research

    副編集長 

    2019年04月
    -
    継続中
     

  • 日本プランクトン学会報

    編集委員 

    2016年04月
    -
    継続中
     

  • Plankton and Benthos Research

    編集委員 

    2015年04月
    -
    2019月03日
     

共同・受託研究情報 【 表示 / 非表示

  • 文部科学省海洋資源利用促進技術開発プログラム「ハイパースペクトルカメラによるマイクロプラスチック自動分析手法の開発

    提供機関: 海洋研究開発機構  学内共同研究  

    研究期間: 2018年10月  -  継続中 

  • 共同研究契約

    提供機関: 国立研究開発法人水産研究・教育機構中央水産研究所  国内共同研究  

    研究期間: 2018年04月  -  継続中 

  • 科研費新学術領域研究「海洋混合学の創設」公募研究「黒潮周辺海域におけるカイアシ類の分布・再生産速度と海洋混合との関係の解明」

    提供機関: 国立研究開発法人水産研究・教育機構中央水産研究所  国内共同研究  

    研究期間: 2018年04月  -  2020年03月 

  • 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構の地球環境変動観測ミッション(GCOM)「地球観測研究公募」

    提供機関: 創価大学  国内共同研究  

    研究期間: 2016年04月  -  継続中 

 

担当授業科目(学内) 【 表示 / 非表示

  • 大学院先進実践学環  海洋生物環境学Ⅱ

  • 大学院先進実践学環  海洋生物環境学Ⅰ

  • 大学院先進実践学環  自然環境概論Ⅱ

  • 大学院環境情報学府  地球科学・生態学の手法

  • 大学院環境情報学府  沿岸海洋評価学演習

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担当経験のある授業科目(学外) 【 表示 / 非表示

  • 新潟大学理学部   自然環境科学特論C(2019年度)

 

学外審議会・委員会等 【 表示 / 非表示

  • 日本プランクトン学会

    2021年04月
    -
    2023年03月

    学協会   評議委員

  • 日本海洋学会「海洋生物学研究会」

    2021年02月
    -
    継続中

    学協会   副会長

  • 日本プランクトン学会

    2019年04月
    -
    2021年03月

    学協会   評議委員

  • 「ハイパースペクトルカメラによるマイクロプラスチック自動分析手法の開発」研究運営委員会

    2019年03月
    -
    継続中

    その他   運営委員

  • 日本海洋学会「海洋生物学研究会」

    2016年09月
    -
    2021年02月

    学協会   運営委員

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学内活動 【 表示 / 非表示

  • 2012年04月
    -
    2021年03月
      環境情報研究院附属臨海環境センター運営委員   (部局内委員会)